Sezon 2 Urmărește Stargate: Atlantis cu subtitrări

Daedalus ajunge și cele două nave stup sunt distruse. Atlantis pare salvat, dar Zelenka detectează 12 nave suplimentare. Ford pare schimbat după ce a căzut în apă.

McKay, Sheppard, Beckett și Weir se află pe Daedalus. McKay descoperă un virus Wraith care infectează sistemele navei și trimite un semnal către Wraith.

Echipa îl caută pe Ford pe o planetă. Teyla și Sheppard sunt luați ostatici de un străin, în timp ce Ford încearcă să-l convingă pe McKay că este normal.

După o încercare de a-i recupera pe McKay și pe Lt. Laura Cadman din băncile de memorie ale unei săgeți Wraith, Cadman rămâne blocată în mintea lui McKay.

Echipa descoperă o planetă unde Poarta Stelara este păstrată pe o insulă-închisoare pentru a satisface dorințele Wraith. Magistratul lor este dispus să facă un schimb cu un mineral rar.

Echipa descoperă un proiect al Anticilor pentru a crea sursa supremă de energie. McKay crede că poate să-l finalizeze. Ronon află că nu este singurul Satedan supraviețuitor.

Echipa descoperă o fată Wraith ascunsă, îngrijită de un bărbat care afirmă că are un ser care poate să-i satisfacă foamea. Beckett dorește să perfecționeze un retrovirus care poate transforma Wraith î...

Sheppard este infectat cu retrovirusul Wraith și se transformă încet într-o insectă Iratus. Pentru a oferi un tratament, celulele stem trebuie recuperate din unul dintre ouăle lor.

McKay descoperă o navă de război antică plutind în spațiu. Sheppard află că aceștia poartă o comunicare care menționează o slăbiciune în tehnologia Wraith.

Echipa este capturată de Ford și forțată să ia enzima Wraith. Ford are un plan.

Interogatoriul lui Sheppard este brusc întrerupt. Teyla simte că o altă navă colmeală a sosit. Între timp, McKay încearcă să-și convingă paznicul să cheme ajutor.

Echipa descoperă o creastă ce poate fi accesată doar printr-o ușă. Sheppard este atras înăuntru de un câmp. McKay descoperă că timpul trece foarte repede în spatele acestuia.

The Trust, o organizație teroristă Goa'uld, a plasat o bombă în Atlantis.

McKay și un pilot se prăbușesc cu un puddle jumper în ocean pe Atlantis. Încep să se scufunde.

Echipa colonelului Sheppard descoperă o lume în care liderul locuiește într-un turn care deține puterea de a opri atacurile Wraith.

Echipa descoperă două capsule de viață cu o femeie și un bărbat pe moarte în ele. Când sunt deschise, mintea femeii este imprimată în Weir. Ea solicită o favoare specială.

În timp ce Teyla și Ronon investighează presupusa moarte a Maiorului Lorne, Genii Ladon Radim contactează Atlantisul. El dorește să facă un schimb oferind un ZPM în schimbul unor provizii de arme.

Michael Kenmore, un nou locotenent, se trezește în infirmerie și nu își amintește nimic. Ceilalți membri ai expediției sunt foarte îngrijorați pentru bunăstarea sa, deoarece pare diferit.

Atlantis oferă ajutor pentru repararea unui generator de scut străvechi pe Taranis. Ei descoperă că Taranii dețin o navă de război străveche.

Nava inamică care se apropie de Atlantis este a lui Michael. Michael vine cu o propunere de schimb: retrovirusul în schimbul păstrării secretului despre Atlantis și informații despre tehnologia Wraith...